نام مبارک امام پنجم محمد بود .
لقب آن حضرت باقر یا باقرالعلوم است ,بدین جهت که : دریاى دانش را شکافت و اسرار علوم را آشکارا ساخت .
القاب دیگرى مانند شاکر و صابر و هادى نیز براى آن حضرت ذکر کردهاند که هریک بازگوینده صفتى از صفات آن امام بزرگوار بوده است .
کنیه امام ابوجعفر بود .
مادرش فاطمه دختر امام حسن مجتبى ( ع )است .
بنابراین نسبت آن حضرت از طرف مادر به سبط اکبر حضرت امام حسن ( ع )و از سوى پدر به امام حسین ( ع ) میرسید .
پدرش حضرت سیدالساجدین , امام زین العابدین , على بن الحسین ( ع ) است .
تولد حضرت باقر ( ع ) در روز جمعه سوم ماه صفر سال 57 هجرى در مدینه جانگداز کربلا همراه پدر و در کنار جدش حضرت سیدالشهداء کودکى بود که به چهارمین بهار زندگیش نزدیک میشد .
دوران امامت امام محمد باقر ( ع ) از سال 95 هجرى که سال درگذشت امام زین العابدین ( ع ) است آغاز شد و تا سال 114 ه . یعنى مدت 19 سال و چند ماه ادامه داشته است .
در دوره امامت امام محمد باقر ( ع ) و فرزندش امام جعفرصادق ( ع ) مسائلى مانند انقراض امویان و بر سر کار آمدن عباسیان و پیدا شدن مشاجرات سیاسى و ظهور سرداران و مدعیانى مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراسانى و دیگران مطرح است , ترجمه کتابهاى فلسفى و مجادلات کلامى در این دوره پیش میآید , و عدهاى از مشایخ صوفیه و زاهدان و قلندران وابسته به دستگاه خلافت پیدا میشوند .
قاضیها و متکلمانى به دلخواه مقامات رسمى و صاحب قدرتان پدیدمیآیند و فقه و قضاء و عقاید و کلام و اخلاق را - بر طبق مصالح مراکز قدرت خلافت شرح و تفسیر مینماید , و تعلیمات قرآنى - به ویژه مسأ له امامت و ولایت را , که پس از واقعه عاشورا و حماسه کربلا , افکار بسیارى از حق طلبان را به حقانیت آل على ( ع ) متوجه کرده بود , و پرده از چهره زشت ستمکاران اموى ودین به دنیا فروشان برگرفته بود , به انحراف میکشاندند و احادیث نبوى را دربوته فراموشى قرار میدادند .
برخى نیز احادیثى به نفع دستگاه حاکم جعل کرده ویا مشغول جعل بودند و یا آنها را به سود ستمکاران غاصب خلافت دگرگون مینمودند .
اینها عواملى بود بسیار خطرناک که باید حافظان و نگهبانان دین در برابر آنهابایستند .
بدین جهت امام محمد باقر ( ع ) و پس از وى امام جعفر صادق ( ع )از موقعیت مساعد روزگار سیاسى , براى نشر تعلیمات اصیل اسلامى و معارف حقه بهره جستند , و دانشگاه تشیع و علوم اسلامى را پایهریزى نمودند .